Norduz Keçisinin Tüm Genomunun Dizilenmesi ve Genomik Analizi


Arslan M. (Yürütücü)

Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje, 2019 - 2021

  • Proje Türü: Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje
  • Başlama Tarihi: Mart 2019
  • Bitiş Tarihi: Temmuz 2021

Proje Özeti

Norduz keçisi, Ülkemiz ve Van bölgesi için önem arz eden bir keçi türü ve aynı zamanda da milli gen kaynağımızdır. Fakat, bu keçi türü ile ilgili ulusal ve uluslararası alanda yeterli genetik çalışmalar yapılamamıştır. Moleküler genetik alanında, yeni nesil dizileme (next generation sequencing) yöntemi deyim yerinde ise çığır açmıştır. Bu yöntem, 2-3 Gb (Gigabase) büyüklüğündeki bir memeli genomu yalnızca birkaç hafta içerisinde dizileme imkanı tanımaktadır. Bu yöntem kullanılarak uluslararası alanda bazı özel hayvan ırklarının tüm genom dizi oluşturulmuş ve genetik analizleri yapılmıştır. Bu sayede oldukça karmaşık olan genetik yapı biyoinformatik araçlar kullanılarak kolaylıkla daha anlaşılır hale gelmiştir. Şuana kadar Norduz keçisi ile yürütülen genetik çalışmalar filogenetik çalışmaları aşamamıştır. Önerilen bu projede, yeni nesil dizileme yöntemi kullanılarak Norduz keçisinin tüm genom dizisinin oluşturulması ve genetik yapısının aydınlatılması hedeflenmektedir. Elde edilecek tüm genom dizisinin, refererans keçi genom dizisi ile karşılaştırılması yoluyla yapılacak genetik varyant analizi sayesinde; Norduz keçisine özel tek nükleotid polimorfizimler (Single Nucleotid Polymorphysim-SNPs), gen kopya sayısında meydana gelen değişimler (Copy Number Variation-CNVs), Delesyon ve İnsersiyonların (InDels) ortaya çıkarılması hedeflenmektedir. Takibinde yürütülecek Gen Ontolojik analizler sayesinde de genetik varyantların yorumlanmasının yapılması ve Norduz keçisinin fenotipik yapısı hakkında daha kapsamlı bir bilgiye ulaşılması hedeflenmektedir.