Yonca mozaik virüsü (AMV), yem bitkileri içerisinde yonca bitkisinin en önemli viral hastalık etmenlerinden biridir ve yıllık olarak önemli ekonomik kayıplara neden olur. Etmen ayrıca domates, patates ve biber gibi diğer kültür bitkileri için de potansiyel bir öneme sahiptir. Bu çalışmada, AMV'nin tanımlanması ve izolatların filogenetik ilişkileri, ters transkripsiyon-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve ardından bakteriyel klonlama ile gerçekleştirilmiştir. Bu amaçla yonca örneklerinin (12 adet) cDNA'sı AMV'nin kapsid protein genine (CP) özgü primer çiftleri kullanılarak RT-PCR testlerine tabi tutulmuş ve beklendiği gibi yaklaşık 700 bp'lik bir DNA fragmenti elde edilmiştir. Amplikonlar doğrudan klonlanarak elde edilen diziler genbankasına kaydedilmiştir (Erişim No: MW962977 ve MW962976). Her iki sekansın BLASTn analizi, yoncadan elde edilen AMV izolatlarının, dünyadaki farklı bitkilerden izole edilen diğer AMV izolatlarına oldukça benzer olduğunu ve nükleotit benzerliğinin %97 ile %99.37 arasında değiştiğini göstermiştir. CP gen dizilerine dayanarak elde edilen filogenetik dendrogramın sonuçları, bu çalışmadan elde edilen izolatların Türkiye'deki yonca bitkilerinden izole edilen dört AMV izolatı ile yakından ilişkili olduğunu açıkça ortaya koymuştur. Bu çalışma, Bingöl ilinde sararma, beneklenme ve yaprak anormallikleri gösteren yonca bitkilerinde belirlenen AMV virüsünün ve moleküler filogenisinin ilk raporu niteliğindedir.