Brucella melitensis suşlarının genetik profillerinin MLVA (Multilokus Değişken Sayıda Ardışık Tekrar Analizi), MLST (Multilokus Dizi Tiplendirme) yöntemleriyle değerlendirilmesi

Tez Türü: Doktora

Tezin Yürütüldüğü Kurum: Selçuk Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Klinik Öncesi Bilimler, Türkiye

Tez Danışmanı: Osman Erganiş

Tezin Onay Tarihi: 2021

Tezin Dili: Türkçe

Desteklendiği Program: Diğer

Özet:

Brucella melitensis (B. melitensis) kaynaklı Bruselloz enfeksiyonu ülkemizdeki küçükbaş hayvanlarında yüksek prevalans ile seyretmektedir. Bu çalışmada, 2009 ve 2017 yılları arasında Türkiye’nin yedi coğrafik bölgesinde bulunan farklı çiftliklerden gönderilen atık yapan koyun, keçi ve sığır konakçılarına ait numunelerden izole edilen ve Pendik Veteriner Kontrol Enstitüsü Müdürlüğü Brusella Aşıları Üretim ve Referans Laboratuvarında tiplendirilen 50 adet B. melitensis suşunun Multilokus Değişken Sayıda Ardışık Tekrar Analizi (MLVA) ve Multilokus Dizi Tiplendirme (MLST) yöntemleri ile genotiplendirilmesi amaçlandı.

Çalışmada kullanılan izolatlar, Serum Dekstroz Agar Besiyerine pasajlandıktan sonra B. melitensis olduklarına teyit etmek amacıyla klasik biyotiplendirme metodu yapıldı ve biyovarlarına göre tiplendirildi. Referans suşları ile 50 adet çalışma izolatının DNA ekstraksyonu ticari kit protokolüne uygun olarak gerçekleştirildikten sonra suşlar MLST ve MLVA ile genotiplendirildi. Sonuçlar Hunter Gaston Diversity Indexe (HGDI) göre değerlendirildi.

Genotiplendirme metotları için 17 adet B. melitensis bt1, 2 adet B. melitensis bt2, 23 adet B. melitensis bt3 ve 8 adet atipik B. melitensis izolatı kullanıldı. MLST metodunda 2 profil tespit edildiği ve ayrım gücünün yeterli olmadığından dolayı HGDI değeri hesaplanmamıştır. MLVA metodu için HGDI değerlerinin 0,55 ile 0,88 arasında değiştiği, ama en ayırt edici lokusun Bruce16 (HGDI=0,88) olduğu, onu Bruce04 (HGDI=0,86) ve Bruce30’un (HGDI=0,86) takip ettiği belirlendi. MLVA-16’ya göre çalışılan 50 adet izolatta 46 farklı genotip tespit edildi. Toplam 50 adet izolat profilinin 30 adedinin veritabanı ile birebir eşleştiği, kalan 20 adedinin veritabanında yer almadığı belirlendi. Bu 30 adet izolatın %93,3’ünün insan izolatları ile birebir aynı olduğu belirlendi. MLVA-8’e göre ise tüm izolatlarda genotip 43’ün yaygın olduğu tespit edildi. MLST ile 39 suşta özellikle Doğu Akdeniz Bölgesindeki ülkelere ait izolatlarda baskın olarak belirlenen Sequence Typing (ST8) varlığı tespit edilirken, 11 suşta daha önceden tanımlanmayan bir profil saptandı. ST8’in ve yeni ST’nin dizilimi karşılaştırıldığında, glucokinase geninde varyasyon olduğu tespit edildi. B. melitensis Rev-1 aşı suşu ST7 genotipinde olduğu ve saha izolatları ile tamamen farklı olduğu belirlendi. MLST ve MLVA metodları ile B. melitensis biyovarları arasında ayrım yapılamadı. Bunun yanısıra konakçı, bölge ve yıla göre suşlar arasında önemli farklılıklar bulunamadı.

Sonuç olarak, MLVA metodunun ayrım gücünün MLST’e göre daha yüksek olduğu, MLST metodunun önceki yapılan çalışmalara göre belirlenen coğrafik kökenlere göre suşların ayrımında yararlı olduğu belirlendi. Kullanılan her iki yöntemin, yeni çıkacak hastalık vakalarından elde edilen izolatların takip edilmesine ve ayrıca hastalığın kontrol çalışmaları için bölgeye hâkim genotipe göre yapılacak olası aşı çalışmalarına yön verebileceği düşünülmektedir. MLVA metodu ile belirlenen profillerin insandakilerle aynı olmasının konakçılar arası geçiş açısından Tek Sağlık konusunu gündeme getirmektedir. Hayvan sağlığını korumanın insan sağlığı açısından çok önemli olduğu görülmektedir.

Anahtar Kelimeler: Biyovar; Brucella melitensis; Genotiplendirme; MLST; MLVA.