Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Rümeysa GÖK
Danışman: Bilgin Taşkın
Özet:
Endofitler, bitkilerin doku aralarında/içlerinde yaşayan
ancak konukçusunda gözle görülen
bir hastalık belirtisine neden
olmayan bakteriyel veya fungal mikroorganizmaları kapsar. Bu
çalışmada çeşitli tek yıllık bitkilerden izole edilmiş ve daha önceki çalışmalarda gerek bitki büyümesini
teşvik edici markörler gerekse demir (Fe+3), kobalt (Co+2) ve nikel
(Ni+2) varlığında yüksek siderofor üretme potansiyeli gösteren G15S1 kodlu endofit izolatının
farklı besi ortamlarındaki büyüme/ koloni
morfolojisi belirlenmiş, biyokimyasal karakterizasyonu ve yeni nesil dizileme
yolu ile tüm genom dizilemesi tamamlanmıştır. Ayrıca izolatın en iyi gelişim
gösterdiği katı besi kültür ortamlarında bakır, çinko, mangan, civa ve lityum metallerine karşı dirençliliği test edilmiş
ve Minimum İnhibisyon Konsantrasyonları (MIK) ortaya konmuştur. Yapılan
gram boyama sonucunda gram-(+), kok hücre morfolojisine sahip olduğu anlaşılan
G15S1 izolatının
identifikasyon amacıyla Microgen ve API ticari kitleri kullanılarak fenotipik
(biyokimyasal) özellikleri belirlenmiş, bu testlerde sadece glikoz, üreaz,
sitrat, jelatin, sukroz ve arabinoz testlerine pozitif sonuç göstermiştir.
Bakteri izolatı proteaz, lipaz, amilaz, pektinaz, ksilanaz ve selülaz
hidrolitik enzimlerini üretebilme yetenekleri açısından nitel olarak incelenmiş
ve izolatın ilgili ayırt edici besi ortamlarında test edilen enzimlerin
hiçbirini üretemediği gözlemlenmiştir. İllumina HiSeq platformu kullanılarak
yapılan tüm genom dizilemesi sonucunda G15S1 izolatının genom boyutunun ve
genom G+C içeriğinin sırasıyla 2.2 Mb (2216911 bp) ve %31.4 olarak
belirlenmiştir. Tüm genom tabanlı
filogenetik analizde G15S1, Staphylococcus hominis NCTC 11320, Staphylococcus
hominis subsp. novobiosepticus CCUG 42399 ile birlikte kümelenmiş ve
%92,9 dijital DNA-DNA hibridizasyon (dDDH) değeri ile G15S1 izolatının Staphylococcus
hominis türü içinde yer alan bir alt tür olduğu ortaya konulmuştur.