Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarımsal Biyoteknoloji Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2024
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Tülay ORUÇ
Danışman: Bilgin Taşkın
Özet:
Endofitler, bitkilerin
doku aralarında/içlerinde yaşayan ancak konukçusunda gözle görülen bir hastalık
belirtisine neden olmayan bakteriyel veya fungal mikroorganizmaları kapsar. Bu
çalışmada çeşitli tek yıllık bitkilerden izole edilmiş ve daha önceki
çalışmalarda bitki büyümesini teşvik edici (PGP) markörler yönünden kayda değer
sonuçlar üretmiş G56Y1, G106K1, G119Y2T ve G129K1-1 kodlu endofit izolatlarının
yeni nesil dizileme yolu ile tüm genom dizilemesi ve biyokimyasal
karakterizasyonları ortaya konmuştur. Ayrıca izolatların çeşitli
antibiyotiklere karşı duyarlılıkları standart disk metodu yolu ile test
edilmiştir. İllumina HiSeq platformu kullanılarak yapılan tüm genom dizilemesi
sonucunda G56Y1, G106K1, G119Y2T ve G129K1-1 kodlu endofit izolatlarının taslak
genom boyutlarının sırasıyla 4.2 Mb (4277605 bp), 4.5 Mb (4582803 bp), 4.8 Mb
(4794802 bp) ve 3.9 Mb (3886939 bp) olarak belirlenmiştir. G56Y1, G106K1,
G119Y2T ve G129K1-1 izolatlarının genomlarının G+C içeriğinin ise sırasıyla
%45.8, %66, %55.2 ve %65.7 olduğu tespit edilmiştir. G56Y1 izolatı tüm genom
tabanlı filogenetik analizinde %88.7 dijital DNA-DNA hibridizasyon (dDDH)
değeri ile Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum FZB42;
G106K1 izolatı %61.8 dDDH değeri ile Stenotrophomonas lactitubi M15;
G119Y2T izolatı %29.7 dDDH değeri ile Arthrobacter gandavensis JCM
13316 ve G129K1-1 izolatı %88.8 dDDH
değeri ile Pantoea agglomerans NBRC 102470 ile örtüşmüşlerdir. dDDH
değerleri göz önüne alındığında, %61.8 ve %29.7 değerleriyle G106K1 ve G119Y2T
izolatlarının sırası ile Stenotrophomonas ve Arthrobacter
cinslerine ait yeni türler olabileceği hipotezi ağırlık kazanmıştır. Yapılan
genom analizlerinde izolatların terpen, tiyopeptid, siderofor, betalakton,
metelofor ve arilpolien gibi biyoteknolojik öneme sahip sekonder metabolitleri
kodlayan gen/gen kümelerine sahip olduğu belirlenmiştir. İzolatların
antibiyotik duyarlılığı sonuçlarına göre ampisilin, penisilin G, florfenikol,
eritromisin, nitrofurontoin ve klindomisine tam direnç gösteren G106K1 en
dirençli izolat olarak göze çarpmıştır. Bu izolatı penisilin G, rifampin,
eritromisin, nitrofurontoin ve klindamisine tam direnç gösteren G129K1-1
izlemiştir. G119Y2T izolatı sadece sefepim antibiyotiğine tam direnç
gösterirken, G56Y1 izolatı da sadece rifampin antibiyotiğine karşı tam direnç
gösterebilmiştir.