Akademik Veri Yönetim Sistemi
6th International Applied Sciences Congress, Van, Türkiye, 21 - 23 Mayıs 2021, ss.63-65
Bu çalışmanın amacı, Siyah Alaca, Simental ve İsviçre Esmeri sığır ırklarında αS1-kazein (CSN1S1), αS2-kazein (CSN1S2), β-kazein (CSN2) ve κ-kazeinin (CSN3) genotip ve allel frekanslarını belirlemekti. Çalışma Türkiye’de Van ilinde yapıldı. Çalışmada 20 baş inekten 200 ml süt örneği alındı. Süt örneklerinden DNA izole edildi. CSN1S1, CSN1S2, CSN2 ve CSN3 gen bölgelerinin amplifikasyonu, optimizasyon ile belirlenen çoklu PCR protokollerine göre yapıldı. PCR ürünlerinin uzunluğu ve parlaklığı elektroforez ile kontrol edildi. PCR ürünlerinin genotiplendirilmesi için Sanger dizileme uygulandı. Bu çalışmanın sonuçları, Siyah Alaca, İsviçre Esmeri ve Simental sığır ırklarında CSN1S1 geninin sadece BB genotipi ve B alleli olarak gözlendiğini gösterdi. Ayrıca, üç sığır ırkında da CSN1S2 geni sadece AA genotipi ve A aleli olarak gözlendi. Bu nedenle üç sığır ırkında CSN1S1 ve CSN1S2 genlerinin monomorfik olduğu gözlendi. CSN2 geni, Siyah Alaca ırkında A1A1, A1A2 ve A2A2 olmak üzere üç farklı genotip, İsviçre Esmeri ırkında A1A1 ve A2A2 olmak üzere iki farklı genotip olarak gözlendi. Ancak Simental ırkında sadece A2A2 genotipi tespit edildi. CSN3 geni için Siyah Alaca sığır ırkında AA, AB ve AE, İsviçre Esmeri ırkında AA, AB ve BB olmak üzere üç farklı genotip, Simental ırkında AB ve BB olmak üzere iki farklı genotip gözlendi. Ayrıca, CSN1S1, CSN1S2, CSN2 ve CSN3 genlerinin Sanger sekanslamanın sonucunda elde edilen sekans bölgelerine NCBI’da hizalama (BLAST) yapıldı. Hizalama sonucunda üç sığır ırkında CSN2 geninin ekzon 7’sinde yer alan aynı nükleotitde bir farklılık olduğu görüldü. CSN2 geni için NCBI’da verilen dizide Sitozin (C) nükleotidi yer alırken, bu çalışmada Guanine (G) nükleotidi tespit edildi. Bu çalışmada bildirilen hizalama sonucunda tespit edilen C → G geçişine önceki çalışmalarda rastlanmamıştır. Dolayısıyla bu polimorfizmin ilk kez tespit edildiği düşünülmektedir. Ancak bu yeni polimorfizm noktasını doğrulamak için daha fazla örnek üzerinde yeni çalışmalar yapılmasının uygun olacağı sonucuna varıldı.
The aim of this study was to determine the genotype and allele frequencies of αS1-casein (CSN1S1), αS2-casein (CSN1S2), β-casein (CSN2) and κ-casein (CSN3) genes in Holstein-Friesian, Simmental and Brown Swiss breeds. The study was conducted in Van province in Turkey. In the study, 200 ml milk samples were collected from 20 head cow. DNA was isolated from milk samples. It was performed for amplification of CSN1S1, CSN1S2, CSN2, and CSN3 gene regions according to multiple PCR protocols determined by optimization. PCR products length and integrity were checked by electrophoresis. Sanger sequencing was applied for genotyping of PCR products. The results of this study showed that CSN1S1 gene in Holstein Friesian, Brown Swiss and Simmental cattle breeds were only observed as BB genotype and B allele. Also, CSN1S2 gene in three cattle breeds were only observed as AA genotype and A allele. Therefore, CSN1S1 and CSN1S2 genes in three cattle breeds were observed as monomorphic. The CSN2 gene was observed three different genotypes, A1A1, A1A2 and A2A2 in Holstein-Friesian, two different genotypes, A1A1 and A2A2 in Brown Swiss. But it was detected only A2A2 genotype in Simmental breed. For the CSN3 gene was observed three different genotypes, AA, AB and AE in Holstein-Friesian and AA, AB and BB in Brown Swiss, two different genotypes, AB and BB in Simmental. Also, the sequence regions obtained due to Sanger sequencing of CSN1S1, CSN1S2, CSN2, and CSN3 genes were performed alignment (BLAST) in NCBI. As a result of the alignment, it was observed that there was a difference in the same nucleotide in exon 7 of the CSN2 gene in three cattle breeds. While the Cytosine (C) nucleotide for the CSN2 gene is located in the sequence given in the NCBI, Guanine (G) nucleotide was detected in this study. The C → G transition, which was detected as a result of the alignment reported in this study, was not encountered in previous studies. Therefore, it is thought that this polymorphism was detected for the first time. However, in order to verify this new polymorphism point, it was concluded that it would be appropriate to conduct new studies on more samples.