VAN İLİNDE FASULYE BİTKİSİNDEN İZOLE EDİLEN FASULYE ADİ MOZAİK VİRÜS İZOLATININ (Bean common mosaic virus, BCMV) KILIF PROTEİN GENİNİN KLONLANMASI VE MOLEKÜLER KARAKTERİZASYONU


GÜLLER A., Usta M.

1.Anadolu Uluslararası Multidisipliner Çalışmalar kongresi, Diyarbakır, Türkiye, 28 - 29 Aralık 2018, ss.211

  • Basıldığı Şehir: Diyarbakır
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.211

Özet

Fasulye hem bahçe tipi ve ticari ölçekte tarımının yapılması hem de önemli oranda protein ve mineral kaynağı olmasından dolayı diyet açısından da önemli bir kültür bitkisidir. Fasulye adi mozaik  virüsü  (Bean  common  mosaic potyvirus,  BCMV)  fasulye  bitkisini  doğal  olarak infekteleyerek  bitki  ölümlerine yol  açan  ve  ürün  verimini  ve kalitesini  sınırlayan  yaygın  bir virüstür. Potyviridae  familyasında  yer  alan  virüs  zarfsız,  ipliksi  kıvrımlı  720-850  nm uzunluğunda ve 12-15 nm çapında pozitif sens tek zincir RNA yapısına (ssRNA (+)) sahiptir.
2016  yılının  Ağustos  ayında  Van  ilinin  Erciş ilçesinde  fasulyelerde  tipik mozaik  simptomu gösteren  bitkilere  total  RNA  izolasyonu  yapılarak  BCMV kılıf  proteinine  (CP)  spesifik primerler  aracılığıyla  RT-PCR  testi  uygulanmıştır. PCR  testi  sonrasında  yapılan  agaroz  jel elektroforez  sonucunda  BCMV?ye  ait yaklaşık  850  bp  uzunluğunda  fragmentler  elde edilmiştir.  Bantlar  jelden saflaştırılarak,  T4  DNA  ligaz  enzimi  yardımıyla  T-A  klonlama vektörü  olan pGEM  T  Easy  vektörüne  yerleştirilmiş  ve  E.coli  JM109  ırkına  transforme edilmiştir.  Saflaştırılan  rekombinant plazmitlere  yapılan  moleküler  dizileme sonucunda, BCMV  izolatı  CP  geninin  849  bp  uzunluğunda  ve  283  amino  asit içerdiği  tespit  edilmiş  ve gen bankasına (NCBI) MK191026 accession numarası ile kaydedilmiştir.
Bununla birlikte BCMV Van izolatının, dünyanın diğer bölgelerinde tespit edilen izolatlar ile akrabalık  ilişkileri  BLAST  programı  yardımıyla belirlenmiştir.  Nükleotid  dizisine  dayanarak yapılan  çoklu  hizalama  (multiple alignment)  sonuçlarına  göre,  BCMV  Van  izolatının  en yüksek % 98 oranında Türkiye/Samsun izolatıyla (KT766179.1) en düşük ise % 90 oranında
ise Avustralya izolatı (DQ925423.1) ile homoloji gösterdiği belirlenmiştir.
Bu  çalışma  sayesinde,  Türkiye?nin  Van  ilindeki  fasulye  bitkilerini  doğal olarak  infekteleyen
BCMV?nin moleküler olarak varlığı ilk kez rapor edilmiştir.
Anahtar Kelimeler: Bean common mosaic virus, PCR, moleküler karakterizasyon, Van.