Molecular characterization of Deformed wing viruses identified in honeybee (Apis mellifera L.) colonies in Erzincan province of Turkey


Creative Commons License

Güller A., Usta M., Çakar G., Kurt Z.

European Journal of Science and Technology, vol.27, pp.186-192, 2021 (Peer-Reviewed Journal)

Abstract

Deformed wing virus (DWV), which belongs to the Iflaviridae family, is a devastating virus causing severe financial losses in honey
bee colonies all over the world. In 2020 (November), virus-suspected honey bee specimens collected from Erzincan province were
screened by molecular assays against DWV infection. In 6 of 12 samples, an expected approximately 700 bp DNA bands were
achieved, indicating probably virus-positive. Two randomly selected amplified DNA band suggesting the presence of the virus was
further cloned into a pGEM-T Easy vector and electrically transformed into
E. coli competent bacteria. Recombinant plasmids
obtained from cloning were purified from
E. coli and sequenced by next-generation sequencing (NGS). The partial nucleotide
sequences of DWV were ascertained to contain 711 nucleotides and these sequences were recorded in the NCBI GenBank with
MW962981 and MW962982 accession number. The highest sequence similarity of both isolates ranged from 98.03% to 98.17%, at
the nucleotide level. Furthermore, phylogenetic relationships of Erzincan DWV sequences were revealed using 15 unique sequences
from different ecological regions registered in the GenBank. Phylogenetic tree displayed that DWV Erzincan isolates are clustered
with UK (HM067438), Spain (MK262743), and Sweden (MN746311) isolates. According to our best knowledge, DWV has been
reported for the first time in the honey bees from Erzincan province of Turkey by this stud

Iflaviridae ailesine ait olan deforme kanat virüsü (DWV), tüm dünyada bal arısı kolonilerinde ciddi maddi kayıplara neden olan yıkıcı
bir virüstür. 2020'de (Kasım) Erzincan ilinden toplanan virüs şüphesi olan bal arısı örnekleri, DWV enfeksiyonuna karşı moleküler
testlerle tarandı. Test edilen 12 örneğin 6'sında muhtemel virüs varlığını gösteren yaklaşık 700 bp DNA bandı elde edildi. Virüsün
varlığını gösteren bantlardan rastgele seçilen iki amplifiye edilmiş DNA bandı pGEM-T Easy vektörüne klonlanmış ve elektriksel
olarak kompetan
E. coli bakterisine aktarılmıştır. Klonlamadan elde edilen rekombinant plazmitler, E. coli'den saflaştırılmış ve yeni
nesil dizileme (NGS) ile dizilenmiştir. DWV'nin kısmi nükleotid dizilerinin 711 nükleotid içerdiği tespit edilmiş ve bu diziler
MW962981 ve MW962982 erişim numarası ile NCBI GenBank'a kaydedilmiştir. Her iki izolatın en yüksek dizi benzerliği, nükleotid
düzeyinde %98.03 ile %98.17 arasında değişmiştir. Ayrıca, Erzincan DWV dizilerinin filogenetik ilişkileri, GenBank'ta kayıtlı farklı
ekolojik bölgelerden 15 benzersiz dizi kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Filogenetik ağaç, DWV Erzincan izolatlarının İngiltere
(HM067438), İspanya (MK262743) ve İsveç (MN746311) izolatları ile kümelendiğini göstermiştir. Literatür bilgilerimize göre, bu
çalışma ile DWV (Deforme kanat virüsü) Türkiye'nin Erzincan ili bal arılarında ilk kez rapor edilmişti