Incidence and genetic stability of potato spindle tuber pospiviroid in potato in Turkey Türkiye'de tohumluk patates yumrularında patates iǧ yumru viroidi (PSTVd)'nin saptanması ve genetik stabilitesi

Creative Commons License

Güner Ü., Sıpahıoglu H. M., Usta M.

Turkish Journal of Agriculture and Forestry, cilt.36, sa.3, ss.353-363, 2012 (SCI-Expanded) identifier identifier

  • Yayın Türü: Makale / Tam Makale
  • Cilt numarası: 36 Sayı: 3
  • Basım Tarihi: 2012
  • Doi Numarası: 10.3906/tar-1103-54
  • Dergi Adı: Turkish Journal of Agriculture and Forestry
  • Derginin Tarandığı İndeksler: Science Citation Index Expanded (SCI-EXPANDED)
  • Sayfa Sayıları: ss.353-363
  • Anahtar Kelimeler: Dot blot hybridization, molecular characterization, potato, PSTVd, SECONDARY STRUCTURE, VIROID PSTVD, VIRUS, SEQUENCE, STRAINS, TOMATO, PCR, IDENTIFICATION
  • Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Ülkemizdeki bazı tohumluk patates çeşitlerinden tesadüfî olarak seçilen dormant patates yumrularında PSTVd enfeksiyonu, radyoaktif olmayan dot blot hibridizasyon ve RT-PCR testleri ile belirlenmiştir. 2010 yılı Ocak ve Şubat aylarında Türkiye’de tohumluk patates üretimi yapan farklı fi rmalardan, 27 patates çeşidine ait toplam 168 patates yumru örneği temin edilmiştir. PSTVd genomuna spesifi k digoksigenin ile etiketli RNA probu, pSPT18 vektörüne aktarılan PCR ürününden sentezlenmiş ve dormant patates yumrularından izole edilen RNA ekstraktlarında etmen viroidi tespit etmede kullanılmıştır. Yürütülen moleküler testlerde toplam 7 numunede (6 çeşit: Innovator, Lady Jo, Russet Burbank, Agria, Provento ve Konsül) PSTVd infeksiyonuna rastlanmıştır. Bazı RNA örnekleri, RT-PCR testinde pozitif sonuç vermesine rağmen, dot blot testinde hibridizasyon sinyali vermemiştir. Seçilen bir izolata ait (PSTVd-TR) genomun tamamı klonlanarak baz dizisi tespit edilmiştir (Gen Bankası Ulaşım No. HQ456944). İzolatın primer ve sekonder nükleotid yapısına uygulanan fi logenetik analiz, PSTVd-TR genomunun karşılaştırıldığı diğer izolatlardan sadece birkaç nükleotid düzeyinde farklılık gösterdiğini ortaya koymuştur. PSTVd-TR izolatının, yakın zamanda İtalya’da Solanum spp.’de tespit edilen PSTVd izolatı (Gen Bankası Ulaşım No. EF459700) ile yüksek düzeyde (% 99) benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. PSTVd-TR izolatının patojenitesi Joker çeşidi domates fi delerine gerçekleştirilen mekanik inokulasyon ile belirlenmiştir. Oluşan infeksiyonun varlığı belirti göstermeyen domates fi delerine uygulanan RT-PCR testi ile doğrulanmıştır.

Th e prevalence of Potato spindle tuber pospiviroid (PSTVd) infection in randomly selected potato tubers was determined via nonisotopic dot blot hybridization and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). In January and February of 2010, 168 seedling tubers of Solanum tuberosum, representing 27 cultivars, were received from diff erent seedling potato producers in Turkey. Digoxigenin-labeled RNA probes of PSTVd were synthesized from the cloned PCR products and applied in dot blot hybridization to detect viroids in RNA extracts isolated from dormant potato tubers. PSTVd was found in 7 samples and 6 cultivars (Innovator, Lady Jo, Russet Burbank, Agria, Provento and Konsül). Some RNA samples, although positive by RT-PCR test, did not give a hybridization signal by dot blot assay. Th e complete genome of a selected isolate (PSTVd-TR) was cloned and sequenced. Primary and secondary structure analysis showed that the RNA genome of the PSTVd-TR isolate (GenBank Accession No. HQ456944) diff ered from other compared isolates by only a few nucleotides. Th e highest identity (99%) was in a PSTVd isolate that was identifi ed in Solanum spp. in Italy (Accession No. EF459700). Th e infectivity of PSTVd-TR isolate was shown 2 weeks aft er the mechanical inoculation of sap extracts onto seedlings of tomato cultivar Joker. Th e PSTVd infections were proven by RT-PCR assay in symptomless tomato seedlings.