SDS-PAGE analysis of heat shock proteins of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolates from urine and feces samples


Creative Commons License

ATES S., Ekin İ. H.

42nd Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies (FEBS) on From Molecules to Cells and Back, Jerusalem, İsrail, 10 - 14 Eylül 2017, cilt.284, ss.119 identifier

  • Cilt numarası: 284
  • Doi Numarası: 10.10111/febs.14174
  • Basıldığı Şehir: Jerusalem
  • Basıldığı Ülke: İsrail
  • Sayfa Sayıları: ss.119

Özet

Bu çalışmada, insanlarda idrar ve gaita örneklerinden izole edilen enterokokların ısı şok proteinlerinin sentezi araştırıldı. Bu amaçla multipleks PCR tekniği ile incelenen 32 idrar örneğinden 20 (%62.5) adet, 60 gaita örneğinden de 10 (%16.6) adet olmak üzere toplam 30 adet E. faecalis identifiye edildi. İncelenen 177 idrar örneğinden 8 (%4.5) adet ve 46 gaita örneğinden de 22 (%47.8) adet olmak üzere toplam 30 adet E. faecium identifiye edildi. SDS-PAGE yöntemiile yapılan protein bant analizlerinde; E. faecalis ve E. faecium referans suşları ile ön deneme amacıyla farklı sürelerde farklı ısı uygulamaları yapılarak ısı şok poteini (HSP) sentezinin optimal olarak görülebildiği ısılar ve uygulama süreleri belirlendi. E. faecalis referans suşunun42°C ve 45°C’lerde ayrı ayrı 30’ar dk. süre ile strese maruz bırakılması sonucunda, her iki ısı uygulaması ile 38, 68 ve 120 kDa moleküler ağırlıkta yeni ve farklı protein molekülleri sentezlediği belirlendi. E. faecium referans kültürünün ise42°C ve 52°C’lerde ayrı ayrı 30’ar dk. süre ile strese maruz bırakılması sonucunda her iki ısı uygulaması ile 67, 73, 80 ve 120 kDa moleküler ağırlıkta yeni ve farklı protein molekülleri sentezlediği belirlendi. İncelenen 30 adet E. faecalis izolatında 30 dk süre ile uygulanan 42°C’lik ısıda 38 (%3.3), 43 (%50) ve 120 (%80) kDa’luk protein molekülleri tespit edildi. 45 °C’lik ısıda da yine 38 (%6.6), 43 (%26.6) ve 120 (%66.6) kDa’luk protein molekülleri gözlendi. Aynı sayıdaki E. faecium izolatlarında ise 30 dk. süre ile uygulanan 42°C’lik ısıda sadece 3 (%10) izolatın 120 kDa’luk protein molekülü sentezlediği gözlenirken; 52°C’lik ısıda 38 (%33.3), 43 (%3.3), 56 (%3.3) ve 120 (%6.6) kDa’luk protein molekülü sentezlediği tespit edildi.

This study investigated the synthesis of heat shock proteins from the enterococci isolated from human urine and feces samples. Using the multiplex PCR method, a total 30 E. faecalis species, 20 (62.5%) in 32 urine samples and 10 (16.6%) in 60 feces samples, were identified; a total 30 E. faecium species, 8 (4.5%) in 177 urine samples and 22 (47.8%) in 46 feces samples, were identified. For pretesting E. faecalis and E. faecium reference strains, in the protein band analyses performed using the SDS-PAGE method, optimum temperatures and treatment times for heat shock protein synthesis were determined by carrying out heat treatments of varying durations and at different temperatures. With separate 30-min heat treatments at 42°C and 45°C to E. faecalis reference strain, new and different protein molecules with 38, 68 and 120 kDa molecular weights were synthesized. With separate 30-min heat treatments at 42°C and 52°C to E. faecium reference culture, new and different protein molecules with 67, 73, 80 and 120 kDa molecular weights were synthesized. For the total of 30 E. faecalis isolates, protein molecules of 38 (3.3%), 43 (50%) and 120 (80%) kDa were observed in the 30-min heat treatment at 42°C. In the same vein, protein molecules of 38 (6.6%), 43 (26.6%) and 120 (66.6%) kDa were also observed in the heat treatment at 45 °C. In the E. faecium isolates, which had the same count as the E. faecalis isolates, with the 30-min heat treatment at 42°C, 120-kDa protein molecule synthesis only occurred in 3 (10%) isolates; with the heat treatment at 52°C, syntheses of protein molecules of 38 (33.3%), 43 (3.3%), 56 (3.3%) and 120 (6.6%) kDa were obtained.