Akademik Veri Yönetim Sistemi
Ahi Evran 2nd international conference on scientific research, Kırşehir, Türkiye, 21 - 23 Ekim 2022
Günümüzde teknolojinin gelişmesine bağlı olarak biyoinformatik alanındaki çalışmalar hız kazanmaktadır. Biyoinformatik yöntemlerden biri olan filogenetik ağaç oluşturma yöntemlerinde türlere ait biyolojik dizilerin hizalanması kullanılmaktadır. Biyolojik dizileri bir sütun boyunca hizalamak için çoklu dizi hizalama kullanılır. Filogenetik ilişkiler farklı türler arasında çoklu hizalama mesafeleri oluşturulması ile formüle edilmektedir. Oluşturulan ağaçlar genellikle oldukça karmaşık yöntemler ile elde edilirler. Günümüzde kullanılmakta olan yöntemler temel olarak mesafe temelli ve karakter temelli olmak üzere iki ana başlık altında toplanmaktadır. Mesafe temelli yöntemler Neighbor Joining method (NJ) ve Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean metod(UPGMA) olarak gruplandırılabilirken, karakter temelli yöntemler ise Maximum parsimony method (MP) ve Maximum likelihood metod (ML) olarak adlandırılmaktadır. Kullanılan yöntemler sayesinde teşhisi zor türlerin tespit edilmesi ve türler arasındaki farklılıkların belirlenebilmesi mümkün olmaktadır. Dizi verilerini düzenlemek için yaygın olarak FASTA gibi web tabanlı formatlar kullanılır ve bu diziler kullanılarak mesafeler elde edilir ve bu mesafeler optimal bir ağaç oluşturmaya yardımcı olur. Bu çalışmada uzaklık temelli ve karakter temelli yöntemlerin kıyaslanması veri tabanlarından elde edilmiş örnek dizi bilgileri kullanılarak yapılan filogenetik analizler ile irdelenmeye çalışılmıştır. Kullanılan diziler 611bp ve 817bp arası uzunluklara sahip aynı bitkinin 6 farklı türüne ait ortak kloroplast gen bölgeleridir. Kıyaslanan her yöntem için Kimura-2 parametrik modeli ile 1000 tekrarlı bootstrap metodu 1. 2. ve 3. Kodon pozisyonlar seçilerek gerçekleştirilmiştir. Uygulanan yöntemlerden elde edilen sonuçlardaki yakınlık oluşturulacak olan filogenetik ilişkinin değerlendirilmesinde çıkabilecek farklılıkların önemli etkilerinin olmayabileceğini ortaya koymuştur.