MOLECULAR CHARACTERIZATION of 16S RDNA NUCLEOTIDE SEQUENCE of ‘Ca. P. trifolii’ IN PHYTOPLASMA-SUSPICIOUS CUCUMBER PLANTS IN VAN PROVINCE

Güller A., Usta M.

IV-INTERNATIONAL CONFERENCE OF FOOD,AGRICULTURE, AND VETERINARY SCIENCES, Van, Türkiye, 27 - 28 Mayıs 2022, ss.1-100

  • Yayın Türü: Bildiri / Tam Metin Bildiri
  • Basıldığı Şehir: Van
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.1-100
  • Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

2020 yılında Van ilinin İpekyolu ve Gürpınar bölgelerinde açık alanda yetiştirilen hıyar bitkilerinde fitoplazma şüphesi belirtiler gözlemledik. Başlıca hastalık belirtileri anormal ve küçük yapraklar, çiçek anormallikleri, cadı süpürgesi, meyveden akıntı ve rozetleşmedir.  Genomik DNA izolasyonu için iki simptomlu ve iki simptomsuz bitki yaprağı olmak üzere dört bitki örnekledik ve evrensel primer çiftleri (R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2) kullanılarak fitopatojen fitoplazmaya karşı test ettik. Testler sonucunda, doğal olarak enfekte olmuş salatalık bitkilerinden ikisinde fitoplazma etmeni (OM513906 ve OM616883) tespit edilmiş, ancak sağlıklı bitkilerde tespit edilememiştir. Her iki izolatın 16SrDNA dizilerinin BLASTn araştırması, dünya çapında fitoplazma üyeleri olan 16SrIV ‘Candidatus Phytoplasma trifolii’: Clover Proliferation Group ile %99.52 ile %99.76 arasında değişen nükleotit benzerliğini ortaya çıkarmıştır. iPhyClassifier kullanılarak yapılan bilgisayar destekli kesim analizleri, Gürpınar ve İpekyolu izolatlarının 16S rDNA F2nR2 fragmanının referans izolata göre benzerlik katsayısının sırasıyla 1.00 ve 0.93 olduğunu göstermiştir. Aynı program, her iki izolatın da 16Sr grup VI, alt grup A’da (GenBank erişim: AY390261) olduğunu ortaya çıkarmıştır. Filogenetik analiz sonuçları, her iki izolatın da 16SrVI-A alt grubuna bağlı fitoplazma olarak sınıflandırıldığı benzerlik katsayıları ile uyumludur. Bu çalışma, Türkiye’deki doğal infekteli hıyar (Cucumis sativus) bitkileri ve fitoplazma bakterilerinin grup ve altgrupları arasındaki ilişkiyi gösteren önemli bir rapordur. 

In 2020, we observed phytoplasma-suspicious symptoms in cucumber plants grown in open fields from the İpekyolu and Gürpınar regions of Van province (Turkey). Major disease symptoms were abnormal and small leaves, flower abnormalities, witches’ broom, discharge from the fruit, and rosetting. We sampled four plants, two symptomatic and two non-symptomatic plant leaves, for genomic DNA isolation, and test by using universal primer pairs (R16mF2/R16mR1 and R16F2n/R16R2) against phytopathogen phytoplasma. As a result of the tests, the phytoplasma agent was identified in two of the naturally infected cucumber plants (OM513906 and OM616883), but not in the healthy plants. BLASTn search of 16SrDNA sequences of both isolates revealed nucleotide similarity ranging from 99.52% to 99.76%, with the phytoplasma members 16SrVI ‘Candidatus Phytoplasma trifolii’: Clover Proliferation Group worldwide. Computer-aided restriction analyses using iPhyClassifier suggested that the similarity coefficient of the 16S rDNA F2nR2 fragment of Gürpınar and İpekyolu isolates are 1.00 and 0.93, respectively, compared to the reference isolate . The same program revealed that both isolates were in 16Sr group VI, subgroup A (GenBank accession: AY390261). The phylogenetic analysis results were in harmony with similarity coefficients that both isolates were classified as phytoplasma related to the 16SrVI-A subgroup. This study is an important report showing the relationship between groups and subgroups of phytoplasma bacteria and naturally infected cucumber plants (Cucumis sativus) in Turkey.