Cloning and sequencing of coat protein gene of Zucchini yellow mosaic virus isolated from squash and muskmelon in Turkey


Creative Commons License

Özer M., Sıpahıoglu H. M. , Usta M. , Fıdan H.

Turkish Journal of Biology, vol.36, no.4, pp.423-429, 2012 (Journal Indexed in SCI) identifier identifier

  • Publication Type: Article / Article
  • Volume: 36 Issue: 4
  • Publication Date: 2012
  • Doi Number: 10.3906/biy-1110-16
  • Title of Journal : Turkish Journal of Biology
  • Page Numbers: pp.423-429
  • Keywords: ZYMV, characterization, coat protein, phylogenetic analysis, POTYVIRUS, WATERMELON, ZYMV

Abstract

Te prevalence of Potato spindle tuber pospiviroid (PSTVd) infection in randomly selected potato tubers was
determined via nonisotopic dot blot hybridization and reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). In
January and February of 2010, 168 seedling tubers of
Solanum tuberosum, representing 27 cultivars, were received from
different seedling potato producers in Turkey. Digoxigenin-labeled RNA probes of PSTVd were synthesized from the
cloned PCR products and applied in dot blot hybridization to detect viroids in RNA extracts isolated from dormant
potato tubers. PSTVd was found in 7 samples and 6 cultivars (Innovator, Lady Jo, Russet Burbank, Agria, Provento and
Konsül). Some RNA samples, although positive by RT-PCR test, did not give a hybridization signal by dot blot assay.
Te complete genome of a selected isolate (PSTVd-TR) was cloned and sequenced. Primary and secondary structure
analysis showed that the RNA genome of the PSTVd-TR isolate (GenBank Accession No. HQ456944) differed from
other compared isolates by only a few nucleotides. Te highest identity (99%) was in a PSTVd isolate that was identifed
in
Solanum spp. in Italy (Accession No. EF459700). Te infectivity of PSTVd-TR isolate was shown 2 weeks afer the
mechanical inoculation of sap extracts onto seedlings of tomato cultivar Joker. Te PSTVd infections were proven by
RT-PCR assay in symptomless tomato seedlings.

Ülkemizdeki bazı tohumluk patates çeşitlerinden tesadüfî olarak seçilen dormant patates yumrularında PSTVd
enfeksiyonu, radyoaktif olmayan dot blot hibridizasyon ve RT-PCR testleri ile belirlenmiştir. 2010 yılı Ocak ve Şubat
aylarında Türkiye’de tohumluk patates üretimi yapan farklı frmalardan, 27 patates çeşidine ait toplam 168 patates
yumru örneği temin edilmiştir. PSTVd genomuna spesifk digoksigenin ile etiketli RNA probu, pSPT18 vektörüne
aktarılan PCR ürününden sentezlenmiş ve dormant patates yumrularından izole edilen RNA ekstraktlarında etmen
viroidi tespit etmede kullanılmıştır. Yürütülen moleküler testlerde toplam 7 numunede (6 çeşit: Innovator, Lady Jo,
Russet Burbank, Agria, Provento ve Konsül) PSTVd infeksiyonuna rastlanmıştır.
Bazı RNA örnekleri, RT-PCR testinde
pozitif sonuç vermesine rağmen, dot blot testinde hibridizasyon sinyali vermemiştir. Seçilen bir izolata ait (PSTVd-TR)
genomun tamamı klonlanarak baz dizisi tespit edilmiştir (Gen Bankası Ulaşım No. HQ456944). İzolatın primer ve
sekonder nükleotid yapısına uygulanan flogenetik analiz, PSTVd-TR genomunun karşılaştırıldığı diğer izolatlardan
sadece birkaç nükleotid düzeyinde farklılık gösterdiğini ortaya koymuştur. PSTVd-TR izolatının, yakın zamanda 
İtalya’da Solanum spp.’de tespit edilen PSTVd izolatı (Gen Bankası Ulaşım No. EF459700) ile yüksek düzeyde (% 99)

benzerlik gösterdiği tespit edilmiştir. PSTVd-TR izolatının patojenitesi Joker çeşidi domates fdelerine gerçekleştirilen
mekanik inokulasyon ile belirlenmiştir. Oluşan infeksiyonun varlığı belirti göstermeyen domates fdelerine uygulanan
RT-PCR testi ile doğrulanmıştır.