Comparison of DAS-ELISA and RT-PCR Methods for the Detection of Prunus Necrotic Ringspot Virus (PNRSV)


Creative Commons License

Usta M., Sipahioğlu H. M. , Polat B.

Yüzüncü Yıl Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarım Bilimleri Dergisi, vol.15, no.2, pp.153-158, 2005 (Peer-Reviewed Journal)

Abstract

Two methods (DAS-ELISA and RT-PCR) were compared for the detection of Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) in
woody host
Prunus mahleb isolated from Malatya. Total RNA extractions were made from serially diluted fresh leaf tissue, root, bark
and one year old green bark tissue using silica-based method. Purified total RNA extracts were used as template for cDNA synthesis by
reverse transcription. PCR products, about 616 base pair in size, was analyzed by gel electrophoresis and visualized by ethidium bromide
staining. Comparing ELISA test, RT-PCR was found more sensitive in detecting local PNRSV isolate. Several plant tissues were used
for the evaluation of best tissue in the detection of PNRSV by RT-PCR. Leaf tissue of infected
P. mahaleb was proved to be more
suitable tissue in detection of virus by RT-PCR respect to root, one-year-old green bark tissue and bark tissue

İki farklı teşhis yönteminin (DAS ELISA ve RT-PCR) odunsu konukçu P. mahaleb’e transfer edilen Malatya izolatı Prunus
necrotic ringspot virüs’
ünü (PNRSV) teşhisindeki başarısının karşılaştırmalı analizi yapılmıştır. Total RNA ekstraksiyonu silica temelli
metoda göre taze yaprak, kök, kabuk ve yeşil sürgün kabuğu dokusundan gerçekleştirilmiştir. Saflaştırılan RNA revers transkripsiyonda
cDNA sentezi için kalıp olarak kullanılmıştır. 616 bp uzunluğunda çoğaltılan PCR ürünleri agaroz jel’de koşulmuş ve ethidium bromide
ile boyanarak gözlemlenmiştir. ELISA testi ile kıyaslandığında lokal PNRSV izolatını teşhiste RT-PCR’ın daha hassas olduğu tespit
edilmiştir. PNRSV izolatını RT-PCR ile teşhiste kullanılacak en iyi dokuyu belirlemek üzere infekteli
P. mahaleb bitkisinin farklı doku
ekstrakları hazırlanmıştır. Kök, kabuk ve yeşil sürgün kabuğu dokularına nazaran yaprak dokusunun PNRSV’yi saptamada en iyi bitkisel
doku olduğu tespit edilmiştir.