Bu araştırma ile Van gölünde yaşayan inci kefalinde görülen bakteriyel (Vibrio cholerae, Listonella anguillarum, Yersinia ruckeri, Aeromonas hydrophila, Aeromonas sobria ve Aeromonas caviae) ve viral (Enfeksiyöz Pankreatik Nekrozis Virusu, Viral Hemorajik Septisemi Virusu, Enfeksiyöz Hematopoetik Nekrozis Virusu) hastalık etkenlerinin bakteriyolojik kültür ve moleküler yöntemlerle karşılaştırmalı olarak belirlenmesi ve çeşitli dokuların histopatolojik yönden incelenmesi amaçlanmıştır. Bunun için Van Gölü’ne akan 6 farklı akarsudan tesadüfi örnekleme yöntemiyle toplanan toplam 180 adet inci kefali örneğinde bakteriyel ve viral etkenler bakteriyolojik kültür ve real-time PCR yöntemleri kullanılarak tanımlanmıştır. Yapılan çalışmalar sonucunda toplanan örneklerden Vibrio cholerae, Listonella anguillarum, Yersinia ruckeri, Enfeksiyöz Pankreatik Nekrozis Virusu, Viral Hemorajik Septisemi Virusu ve Enfeksiyöz Hematopoetik Nekrozis Virusu identifiye edilemezken, Aeromanas spp. bakteriyolojik kültür ve real-time PCR yöntemleriyle sırasıyla %22.22 ve %53.33 oranında identifiye edilmiştir. İdentifiye edilen Aeromonas spp. arasında en baskın türün Aeromonas hydrophila olduğu gözlenmiştir. Aeromonas spp. pozitif bulunan örneklerin histopatolojik incelemesinde solungaç, karaciğer, dalak ve böbrek dokularında bakteriyolojik identifikasyonu destekler nitelikte bozukluklara rastlanmıştır. Solungaçlarda sekonder lamellerde hiperplazi ve yapışmalar, telengiektazi ve ödem gözlenmiştir. Karaciğerde Remak kordonları düzenini kaybetttiği, hepatositlerde dejeneratif değişiklikler şekillendiği tespit edilmiştir. Aeromonas pozitif tüm örneklerde hemosiderin yüklü melanomakrofajlara yoğun olarak rastlanmıştır. Sonuç olarak Van Gölü’nde yaşayan tek canlı olan İnci Kefali’nde hareketli Aeromonas enfeksiyonları riskinin yüksek oranda devam etmekte olduğu ve bu durumun insan sağlığı üzerinde ciddi olumsuz etkilere yol açabileceği görülmüştür. Bu etkilerin önlenmesi için hem tüketime sunulan balıklarda hijyen ve soğuk zincir koşullarına dikkat edilmesi hem de balıkların doğal yaşama alanları olan akarsuların temiz tutulması ve korunması gerektiği kanaatine varılmıştır.