trnL İntron ve trnL-F Bölgeleri ile Van İlinde Bulunan Orkide (Orchidaceae) Türlerinin Filogenetik İlişkisinin Belirlenmesi


Creative Commons License

Dizkırıcı A. , İşler S. , Yiğit O.

Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, cilt.21, ss.83-91, 2016 (Hakemli Üniversite Dergisi)

  • Cilt numarası: 21 Konu: 2
  • Basım Tarihi: 2016
  • Dergi Adı: Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi
  • Sayfa Sayıları: ss.83-91

Özet

Van ilinde doğal olarak yayılış gösteren Orkide (Orchis) cinsine ait dokuz türün filogenetik
ilişkisi kloroplast DNA’sında bulunan trnL intron ve trnL-F IGS bölgeleri kullanılarak belirlenmeye
çalışılmıştır. Aynı cinse ait diğer türlerle olan evrimsel ilişkileri de göstermek için farklı türlerin DNA
sekansları NCBI veri tabanından alınarak analize dahil edilmiştir. Her bir tür için ikili okuma yapılarak en
doğru DNA sekansı alınmış ve bunlar hizalanarak Maximum Likelihood (ML) methodu ile filogenetik
ağaçlar çizdirilmiştir. trnL-F bölgesinde varyasyon çok daha az olmasına rağmen elde edilen ağaç
topolojileri oldukça benzerdir. Heriki ağaçta da altcinsler (Orchis, Anacamptis ve Neotinea) farklı
kladlarda yer almış ve alt seksiyon seviyesinde tür ayrımı yapılabilmiştir. Çalışma sonunda Anacamptis
ve Neotinea altcinslerinde bulunan türlerin taksonomik pozisyonunun değiştirilerek cins seviyesine
çıkarılması gerektiği sonucuna varılmıştır.

Phylogenetic relationships among nine Turkish Orchis species were inferred using trnL
intron and trnL-F IGS regions located in chloroplast DNA. New sequences were also retrieved from
NCBI database to indicate evolutionary relationships between native and foreign species. To get correct
sequence, two sequences were taken for each studied species and they were aligned for analysis. The
sequence data was analyzed using the Maximum Likelihood (ML) method. The topology of trnL-F tree
was broadly congruent to that shown in trnL intron tree even though trnL-F region carried less variable
sites. In both trees, each subgenus (Orchis, Anacamptis or Neotinea) located in a different clade. At the
end of the study we concluded that the position of Anacamptis and Neotinea should be changed from
subgenus to genus.