DIFFERENTIAL GENE EXPRESSION ANALYSIS AND FUNCTIONAL INSIGHTS IN CORIANDRUM SATIVUM VIA RNA-SEQ


Furan M. A., Genli G.

14. Internaitonal Zeugma Conference on Scientific Research, Gaziantep, Türkiye, 9 - 10 Eylül 2025, ss.1264-1269, (Tam Metin Bildiri)

  • Yayın Türü: Bildiri / Tam Metin Bildiri
  • Basıldığı Şehir: Gaziantep
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.1264-1269
  • Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Adresli: Evet

Özet

Coriandrum sativum (kişniş), besinsel değeri yüksek ve tıbbi açıdan önemli bileşikler içeren aromatik bir bitkidir. Bitkinin çeşitli çevresel ve biyolojik koşullara verdiği moleküler yanıtların anlaşılması hem metabolik yolların aydınlatılması hem de ıslah çalışmaları açısından önem taşımaktadır. Bu çalışmada, kişnişin farklı biyolojik durumlar altındaki gen ekspresyon değişimlerini ortaya koymak amacıyla halka açık RNA-Seq verileri kullanılmıştır.

İlk olarak, diziler kalite kontrol ve kırpma işlemlerine tabi tutulmuş, ardından transkript bolluğu Salmon aracı kullanılarak hesaplanmıştır. Diferansiyel gen ekspresyon analizleri edgeR istatistiksel paket programı ile gerçekleştirilmiştir. Biyolojik tekrarların sınırlı olmasına rağmen, dikkatli normalizasyon ve istatistiksel modelleme yaklaşımları sonucunda anlamlı farklılık gösteren aday genler başarılı şekilde tanımlanmıştır.

İfade düzeyi değişen genler daha sonra fonksiyonel açıdan incelenmiş ve biyolojik süreçlere, moleküler fonksiyonlara ve hücresel bileşenlere ilişkin anlamlı Gene Ontology (GO) terimleri ile bağlantılandırılmıştır. Ayrıca, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) yolak analizi, sekonder metabolizma ve stres yanıtı ile ilişkili çeşitli biyokimyasal yolların bu genler aracılığıyla düzenlenebileceğini ortaya koymuştur.

Bu çalışma, C. sativum’un moleküler düzeyde çevresel uyum mekanizmalarını anlamaya yönelik önemli bir ilk adım olarak değerlendirilebilir. Elde edilen bulgular, gelecekte yapılacak fonksiyonel genomik ve biyoteknolojik uygulamalara ışık tutabilecek niteliktedir.