MOLECULAR PHYLOGENY OF ALFALFA MOSAIC VIRUS (AMV) IN NATURALLY INFECTED ALFALFA PLANTS IN IĞDIR PROVINCE (TURKEY)


Demirel S., Korkmaz G., Usta M., Güller A.

IGDIR INTERNATIONAL APPLIED SCIENCES CONGRESS, Iğdır, Turkey, 14 - 15 April 2021, pp.153-154

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: Iğdır
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.153-154
  • Van Yüzüncü Yıl University Affiliated: Yes

Abstract

Plant diseases caused by viruses with positive sense single stranded RNA genome lead to
serious losses in economically important field crops. AMV is causal agent of an important
disease in alfalfa plants. Plants of alfalfa infected with AMV shows specific symptoms such
as dwarfing, rosetting, mosaic pattern, and chlorosis in leaves. In this study, the leaves of
alfalfa plants showing symptoms were presumed to be infected with the AMV collected from
different region of Iğdır province. After Total RNA isolation from leaves was performed, the
coat protein gene of AMV was amplified in RT-PCR using specific primers. The amplified
gene region were verified in agarose gel electrophoresis. 14 of 19 alfalfa plant exhibited the
expected 700 bp DNA band belong to coat protein gene. Two PCR products selected from
positive samples were sequenced by next generation sequencing. The sequence data of
isolates of AMV was deposited in GenBank (accession numbers: MW882261 and
MW882262). To reveal phylogenetic relationship among our virus isolates and isolates
retrieved from GenBank, nucleotide sequences was aligned by using CLC Main workbench
program and dendogram was constructed based on sequence data. According to results of
analyses depend on sequence of AMV isolates in this study, coat protein sequence data of our
isolates showed moderate genetic diversity compared with GenBank isolates. Considering the
phylogenetic tree, Iğdır AMV isolates in this study were genetically similar to other world
isolates to a great extent. Our study has significant in terms of the first report and molecular
characterization of AMV in alfalfa plant in Iğdır province of Turkey

Pozitif tek iplikli RNA genomuna sahip virüslerin neden olduğu bitki hastalıkları ekonomik
olarak önemli tarla bitkilerinde ciddi kayıplara neden olmaktadır. AMV yonca bitkilerinde
önemli bir hastalık etmenidir. AMV ile enfekte yonca bitkileri cüceleşme, rozetleşme,
yapraklarda mozaik desen ve klorozis gibi spesifik semptomlar gösterir. Bu çalışmada AMV
ile enfekte olduğu varsayılan ve semptom gösteren yonca bitkilerinin yaprakları Iğdır ilinin
farklı bölgelerinden toplanmıştır. Yapraklardan total RNA izolasyonu gerçekleştirildikten
sonra AMV’nin kılıf protein geni spesifik primerler kullanılarak RT-PCR ile çoğaltılmıştır.
Çoğaltılan gen bölgesi agaroz jel elektroforezinde doğrulanmıştır. 19 bitkiden 14’ü kılıf
proteinine ait beklenilen 700 bp DNA bandını göstermiştir. Pozitif örneklerden seçilen iki
PCR ürünü yeni nesil sekanslama aracılığıyla sekanslanmıştır. AMV izolatlarının sekans
verisi GenBank veri bankasına kaydedilmiştir (erişim numaraları: MW882261 ve
MW882262). Bizim çalışmamızdaki virüs izolatları ve GenBank’dan alınan virüs izolatları
arasında filogenetik ilişkiyi açıklamak amacıyla, nükleotid sekansları CLC Main workbench
programı ile hizalanmış ve ağaç sekans verisine dayalı olarak oluşturulmuştur. Bu çalışmada
AMV izolatlarının sekanslarına dayalı olarak gerçekleştirilen analizlerin sonuçlarına göre
bizim izolatlarımızın kılıf protein sekansı GenBank izolatları ile benzer genetik çeşitlilik
göstermiştir. Filogenetik ağaç değerlendirildiğinde, bu çalışmadaki Iğdır AMV izolatları
büyük ölçüde dünyadaki diğer izolatlar ile genetik olarak benzerlik göstermiştir. Bizim
çalışmamız Iğdır ilinde yonca bitkilerinde AMV’nin ilk rapor edilmesi ve moleküler
karakterizasyonun yapılması bakımından önem taşımaktadır.