Akademik Veri Yönetim Sistemi
Manas Journal of Agriculture Veterinary and Life Sciences, cilt.11, sa.2, ss.158-163, 2021 (Hakemli Dergi)
ÖZET MAKALE BİLGİSİ Bu çalışmada, Van ili Belediye mezbahasına kesim için getirilen koyunlardan nekropsi muayenesi sonucu elde edilen akciğer kıl kurdu olarak bilinen Dictyocaulus (D.) filaria’nın moleküler karakterizasyonunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu araştırma Mayıs 2019 ile Mart 2020 tarihleri arasında Van ili Belediye mezbahasında yürütüldü. Kesim sonrası makroskopik olarak 1517 koyun akciğeri muayene edildi. Çalışma materyali pozitif çıkan 140 (%9.22) adet koyun akciğerlerinden elde edilen erişkin akciğer kıl kurtlarından oluşmaktadır. Elde edilen erişkin parazitlerin mikroskopik muayenesi sonucunda 56 (%3.7) adet koyundan D. filaria’a tespit edildi. Tespit edilen D. filaria erişkinleri spin kolon yöntemi kullanılarak DNA izolasyonu, ticari kit (Thermo) ile yapıldı. PCR’da akciğer kıl kurdu olan Dictyocaulus filaria’nın 28S rRNA bölgesine ait primerler (F-GCTACAAAATCGCATACGAACG, R-ACTCCTTAGCGGTTACCGA) kullanıldı. Çalışmada materyal olarak kullanılan D. filaria türünün genomik DNA'sından 28S rRNA gen bölgesi PCR ile amplifiye edildi. Agaroz jelde, 28S rRNA gen bölgesine özgü 952 bç uzunluğunda amplikonlar tespit edildi. Daha sonra, bir PCR ürününden çift yönlü dizi analizinden elde edilen amplikon dizisi, BLAST ile Genbank'taki referans dizilerle karşılaştırıldı. İzolatdan elde edilen genotip tam veya en yakın benzerlikleri ile karşılaştırılarak MEGA 7 programı ile Neighbor-Joining yöntemi kullanılarak filogenetik ağaç oluşturuldu. Yapılan bu çalışmada D. filaria'nın 952 bç uzunluğunda dizisi (MW405935) NCBI BLAST’ta bulunan NCBI NO: AM039754.1 dizisi ile kıyaslandığında %100 benzer olduğu tespit edildi. Sonuç olarak, bu araştırma ile Van ili koyunlarında sıklıkla rastlanılan ve akciğer kılkurdu olarak bilinen D. filaria’nın 28S rRNA gen bölgesinin DNA dizileme analizi yapılarak moleküler karakterizasyonu tespit edildi. Bu çalışma ile Van ili koyunlarından elde edilen erişkin D. filaria’nın ilk kez moleküler identifikasyonu yapıldı.
ABSTRACT ARTICLE INFO This study aimed to determine the molecular characterization of Dictyocaulus (D.) filaria, known as lungworm, obtained as a result of necropsy examination from sheep brought to the municipal slaughterhouse of Van province for slaughter. This research was carried out between May 2019 and March 2020 in the Van Province Municipality abattoir. After slaughter, 1517 sheep lungs were examined macroscopically. The study material consisted of adult lungworm obtained from the lungs of 140 (9.22%) positive sheep. As a result of microscopic examination of the adult parasites obtained, D. filaria was detected from 56 (3.7%) sheep. DNA isolation of detected D. filaria adults using spin column method was performed with commercial kit (Thermo). In PCR, primers belonging to the 28S rRNA region of lungworm Dictyocaulus filaria (F-GCTACAAAATCGCATACGAACG, R-ACTCCTTAGCGGTTACCGA) were used. In the genomic DNA of D. filaria species used as material in the study, 28S rRNA gene region was amplified by PCR. In the agarose gel, 952 bp length amplicons specific to the 28S rRNA gene region were detected. Next, the amplicon sequence obtained from bidirectional sequence analysis from a PCR product was compared with reference sequences in Genbank by BLAST. By comparing the genotype obtained from the isolate with its exact or closest similarities, phylogenetic tree was created using the Neighbor-Joining method with the MEGA 7 program. In this study, the 952 bp long sequence (MW405935) of D. filaria was found to be 100% similar when compared to the NCBI NO: AM039754.1 sequence found in NCBI BLAST. In conclusion, with this study, the molecular characterization of the 28S rRNA gene region of D. filaria, which is frequently encountered in Van province sheep and known as lungworm, was determined by DNA sequencing analysis. In this study, the molecular identification of adult D. filaria obtained from Van province sheep was made for the first time.