Van Gölü Havzası sahip olduğu akarasu, göl, gölet ve baraj gölleri bakımından ülkemizdeki havzalar içerisinde su kaynakları bakımından önemli bir yere sahiptir. Ancak, günümüzde bu su kaynaklarında insan kaynaklı çeşitli sorunlar ve bu sorunlara bağlı tehditler ortaya çıkmıştır. Bu çalışmada Van Gölü Havazası içerisinde yer alan su kaynaklarındaki başlıca sorunlar sıralanmış ve oluşturduğu olumsuz durumlar ele alınmıştır. Bu sorunların başlıcaları; akarsulardaki kum ocakları ve kaçak kum alım faaliyetleri, akarsularda devam eden ıslah çalışmaları, su kaynaklarındaki plastik atıklar ve mikroplastikler, sucul canlılarda mikroplastik kontaminasyonu, Van Gölü’nde gemilerden kaynaklı sintine suyu kirliliği, su kaynaklarındaki diğer kirleticiler, su kaynaklarındaki seviye düşüşleri, gübre kullanımı ve hayvancılık faaliyetleri gibi tarımsal kaynaklı kirlenmeler, ötrofikasyon ve sucul istilacı türler olarak sıralanabilmektedir. Yerinde gözlemler, ölçümler ve çeşitli analizler sonucunda, belirtilen bu noktasal ve yayılı kaynaklı kirleticiler başta su kaynağının kalitesini olumsuz etkilediği gibi sucul yaşamı da tehdit etmektedir. Bu sorunlara yönelik alınabilecek önlemler, havzadaki su kaynaklarının ve sucul yaşamın korunması açısından değerlidir.