TÜRKİYE’DE ‘Canditatus Phytoplazma trifolii’ İÇİN YENİ BİR KONUKÇU OLANARMUT (Pyrus communis L.)’TAKİ İZOLATLARININ MOLEKÜLERKARAKTERİZASYONU


Usta M., Güller A., Sipahioğlu H.

1.International Iğdır Congress on Multidisciplinary studies, Iğdır, Turkey, 6 - 08 November 2018, pp.347

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: Iğdır
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.347
  • Van Yüzüncü Yıl University Affiliated: Yes

Abstract

Fitoplazmalar, Mollicute sınıfında yer alan pleomorfik, bitkilerin floem dokusuna lokalize olan, hücre duvarı olmayan ve genellikle 1 µm’den daha küçük bitki patojeni
bakterilerdir. Tarımsal ürünlerde, süs bitkilerinde ve çok yıllık ağaçlarda verimi azaltması, kimi zaman diğer etmenler ile beraber bitki ölümlerine neden olması ve çiçek oluşumunu
engellemesi nedeniyle ekonomik kayıplara yol açmaktadır. 2016 yılı Eylül ayında, Van ili armut (
Pyrus communis L.) ağaçlarındaki fitoplazma hastalıklarını belirlemek amacı ile gerçekleştirilen survey çalışmasında yapraklarında kızarma belirtisi gösteren 30 farklı armut ağacından örneklemeler yapılmıştır. DNA izolasyonu belirti
gösteren yapraklardan yapılmıştır. Fitoplazma etmenlerini PCR yöntemi ile teşhis edebilmek amacı ile üniversal R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2 primerleri kullanılmış ve etmene ait 16S rDNA gen bölgeleri Nested-PCR yöntemi ile çoğaltılmıştır. Testlenen örneklerin ikisinde fitoplazmalara özgü DNA fragmenti tespit edilmiştir. Çoğaltılan 16S rDNA geni PCR ürünleri, pGEMT-Easy vektörüne aktarılarak
Escherichia coli JM109 ırkında klonlanmış ve elde edilen rekombinant plazmit DNA’ların dizilemesi yeni nesil DNA dizileme yöntemi ile gerçekleştirilmiştir. İzolatlardan Van-Pr3 olarak isimlendirilen izolatın DNA fragmentinin 1256 bp uzunluğunda, Van-Pr4’ün ise 1258 bp uzunluğunda olduğu tespit edilmiştir. DNA dizileri gen bankasına sırasıyla MH709141 ve MH730561 ulaşım numaraları ile kaydedilmiştir.
Her iki izolatın rDNA dizisine ait hakiki RFLP jel görüntüsü (
virtual restriction fragment length polymorphism) ile iPhyClassifier web programındaki analizleri, izolatların
Canditatus Phytoplazma trifolii‘ olduğunu ve her iki etmenin de 1.00 benzerlik katsayısı ile Clover proliferation grubunun (16SrVI-A) üyesi olduğunu kanıtlamıştır. Yapılan çoklu
hizalama sonuçlarına göre her iki izolat %99 oranı ile Meksika (MF092789) ve %98 oranı ile Kanada izolatı (DQ256089) ile homoloji içerisinde olduğunu göstermiştir. Bu çalışma
Türkiye’de armut ağaçlarını doğal olarak infekteleyen ‘
Canditatus Phytoplazma trifolii‘ infeksiyonunu ortaya koyan ilk rapordur.