Potato virus S (PVS)-Bitlis izolatının Kılıf Proteinin in silico Karakterizasyonu ve Konak Proteini ile Docking Analizi

Korkmaz G., USTA M., DEMİREL S.

Journal of Agriculture, cilt.5, 2022 (Hakemli Dergi)

Özet

Patates virus S (PVS) dünya çapında yaygın olan virüslerden biridir ve patates bitkilerinde genellikle orta düzeyde simptomlar oluşturur. Viral proteinlerin konakçılarıyla etkileşimleri başarılı bir enfeksiyon oluşturmada ve sistemik yayılmayı sağlamada oldukça önemlidir. Bu çalışmada PVS’nün kılıf proteini (CP) ve patates bitkisi tarafından kodlanan savunma sisteminde yer alan PSH-RGH6 proteini arasındaki interaksiyon homoloji modelleme ve protein-protein docking yaklaşımı kullanılarak araştırılmıştır. PVS-Bitlis izolatının CP geni gen spesifik primerler kullanılarak RT-PCR ile çoğaltıldı. İlgili gen pGEM-T Easy vektöre klonlandı ve PVS-Bitlis CP genini taşıyan plazmid sekanslandı. Elde edilen sekansa ait amino ait dizisi kullanılarak ITASSER programı ile homolojiye ait protein modeli oluşturuldu. PSH-RGH6 proteini için Swiss-model programı kullanılarak proteine ait model oluşturuldu. Her iki proteine ait modeller arasında interaksiyon Chimera 1.15 programında AutoDock yaklaşımı ile araştırıldı. Docking sonucuna göre PVS-Bitlis CP ve PSH-RGH6 proteinleri arasında interaksiyon varlığı belirlenmiş olup bu interaksiyonun ayrıntılı analizler ile doğrulanması gerekmektedir.