TRANSCRIPTOME PROFILING AND SAMPLE CLUSTERING ANALYSIS OF CORIANDRUM SATIVUM USING DE NOVO RNA-SEQ SEQUENCING

Furan M. A., Genli G.

International Congress on Food, Agriculture and Environment Researches in Global World -II , New York, United States Of America, 24 - 26 August 2025, pp.33-38, (Full Text)

  • Publication Type: Conference Paper / Full Text
  • City: New York
  • Country: United States Of America
  • Page Numbers: pp.33-38
  • Van Yüzüncü Yıl University Affiliated: Yes

Abstract

Coriandrum sativum, mutfak ve geleneksel tıpta yaygın olarak kullanılan, ekonomik ve tıbbi açıdan 

önemli bir bitkidir. Bu çalışmada, kamuya açık RNA-Seq verileri kullanılarak de novo transkriptom 

dizilimi ve gen ifade profillemesi gerçekleştirilmiştir. Kalite kontrolü ve kırpma işlemleri sonrası veriler 

Trinity yazılımı ile birleştirilmiş, transkript bolluğu Salmon aracı ile hesaplanmıştır. İfade verilerine 

dayalı olarak yapılan Temel Bileşenler Analizi (PCA) ve ısı haritası görselleştirmesi, örnekler arasında 

belirgin kümeleşme desenleri ortaya koymuştur. Bu analizler, C. sativum’un işlevsel gen ekspresyonu 

ve diferansiyel gen analizi gibi ileri düzey biyoinformatik çalışmalar için sağlam bir temel 

oluşturmaktadır.