MOLECULAR PHYLOGENY of Watermelon mosaic virus (WMV) in SQUASH PLANT GROWN in DIYARBAKIR PROVINCE


Korkmaz G., Demirel S., Usta M., Güller A.

ISPEC 6th INTERNATIONAL CONFERENCE ON AGRICULTURE, ANIMAL SCIENCE and RURAL DEVELOPMENT MAY 16-18, 2021 SİİRT, TURKEY, Siirt, Turkey, 16 - 18 May 2021, pp.98-100

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: Siirt
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.98-100
  • Van Yüzüncü Yıl University Affiliated: Yes

Abstract

Watermelon mosaic virus (WMV), a potyvirus, is a widely known disease agent in the Cucurbitacae
family, including the squash plant, and many other cultivated plants. In the surveys carried out in
Diyarbakır in 2020, virus-suspected squash plants exhibiting symptoms such as mosaic pattern,
dark green mottle, and vein banding were collected. RT-PCR test was performed using primers
designed specifically for the coat protein (CP) gene region of WMV in order to diagnose the viral
presence in the collected leaf samples. The presence of the PCR-amplified CP gene sequence was
confirmed by agarose gel electrophoresis. Of the 24 samples tested, 3 samples produced an 822
bp DNA fragment specific for the coat protein region. A PCR product selected from positive
samples was sequenced by the next generation sequencing (NGS) method and the sequence data
of the WMV isolate was recorded in the GenBank database (accession number: MW962978). In
order to reveal the phylogenetic relationship, the nucleotide sequence of the isolate detected in the
study with the CLC Main workbench 6.7.1 program was aligned with other WMV sequences
registered in GenBank and phylogenetic analysis was performed based on the tree sequence data.
Accordingly, Diyarbakır WMV sequence clustered in the same group with Bingöl-Turkey (MT413451, MT437295) and Chinese isolates (DQ399708). According to the Pairwise comparison analysis, Diyarbakır WMV isolatea was genetically similar to Bingöl isolates 99.38% (MW962978) and 99.25% (MT437295) and Chinese isolates 98.51% (DQ399708). In this study, the presence of WMV was detected in the squash plant in Turkey-Diyarbakır and it was molecularly revealed that the CP gene region demonstrated high similarity with other isolates in the world

Bir potyvirüs olan Watermelon mosaic virus (WMV) kabak bitkisinin de içinde yer aldığı Cucurbitacae
famiyasında ve diğer birçok kültür bitkisinde yaygın olarak bilinen bir hastalık etmenidir. Diyarbakır
ilinde 2020 yılında yürütülen mini surveylerde, mozaik deseni, koyu yeşil karbartılar ve damarlarda
bantlaşma gibi simptomlar gösteren virüs şüpheli kabak bitkileri toplanmıştır. Toplanan yaprak
örneklerinden viral varlığı tanılamak amacıyla WMV’nin kılıf protein (CP) geni bölgesine spesifik
primerler kullanılarak RT-PCR testi gerçekleştirilmiştir. RT-PCR ile çoğaltılan CP gen bölgesinin
varlığı agaroz jel elektroforez ile doğrulanmıştır. Test edilen 24 örnekten 3 örnek kılıf protein bölgesine
özgü olan 822 bp DNA fragmenti çoğaltmıştır. Pozitif örneklerden seçilen bir PCR ürünü yeni nesil
dizileme (NGS) yöntemiyle dizilenerek WMV izolatının sekans verisi GenBank veri bankasına
kaydedilmiştir (erişim numarası: MW962978). Filogenetik ilişkiyi ortaya koymak amacıyla CLC
Mainworkbench 6.7.1. programı ile çalışmada tespit edilen izolata ait nükleotid sekansları GenBank’da
kayıtlı diğer WMV sekansları hizalanmış ve ağaç sekans verisine dayalı olarak filogenetik analiz
gerçekleştirilmiştir. Buna göre Diyarbakır WMV sekansı, Bingöl-Türkiye (MT413451, MT437295) ve
Çin (DQ399708) izolatları ile aynı grupta kümelenmiştir. Yine aynı programla yapılan pairwise 
karşılaştırmalara göre Diyarbakır WMV izolatı Bingöl izolatlarıyla %99,38 (MW962978) ve %99,25

(MT437295) ve Çin izolatıyla ise %98,51 (DQ399708) oranında genetik olarak benzerlik göstermiştir.
Bu çalışmada Türkiye-Diyarbakır ilinde kabakta WMV’nin varlığı tespit edilmiş ve kılıf protein gen
bölgesinin dünyadaki diğer izolatlarla yüksek oranda benzerlik gösterdiği moleküler olarak ortaya konulmuştur.