Akademik Veri Yönetim Sistemi
17. Ulusal Zootekni Öğrenci Kongresi , Kırşehir, Türkiye, 17 - 19 Mayıs 2024, cilt.1, sa.1, ss.24, (Özet Bildiri)
Biyoinformatik, yaşam bilimleri biyoteknolojisinde hem temel hem de uygulamalı araştırmalar için önemli bir araç haline gelmiştir. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR), DNA'nın belirli bir bölümünün çok sayıda özdeş kopyasını hızla çoğaltmak için kullanılan bir laboratuvar yöntemidir. PCR, genomun belirli bir bölümünü seçici olarak çoğaltmak için primer adı verilen kısa sentetik DNA parçalarını kullanır. PCR'nin mümkün olduğu kadar verimli ve spesifik olması için etkili bir primer dizisinin seçilmesi ve doğru primer konsantrasyonunun kullanılması önemlidir. Primer dikkatli bir şekilde tasarlanmadığı sürece spesifik olmayan amplifikasyon ve/veya primer dimer oluşumu meydana gelebilir ve bu durum hedeflenen PCR ürününün oluşumunu engelleyebilir. Günümüzde moleküler genetikçiler için optimum koşullarda PCR primerleri oluşturmasına yardımcı olacak çeşitli tasarım araçlarına internette kolaylıkla erişilebilir. Bu çalışmada erişilebilir, kullanıma açık ve yagın olarak kullanılan 5 adet web tabanlı PCR primer tasarım programları (NCBI, Primer3, Biserach, Genscript, Primer3plus) biyoinformatik tabanlı genomik dizi uygulamaları ile karşılaştırılmıştır. Karşılaştırma sonuçlarına göre web tabanlı PCR programlarının kullanım üstünlükleri ile olumsuz yanları tartışılmıştır.
Bioinformatics has become an important tool for both basic and applied research in the life sciences and biotechnology. The polymerase chain reaction (PCR) is a laboratory method that can be used to quickly amplify a large number of identical copies of a specific DNA segment. In PCR, short pieces of synthetic DNA, known as primers, are used to selectively amplify a specific part of the genome. For PCR to be as efficient and specific as possible, it is important to choose an effective primer sequence and use the correct primer concentration. If the primer is not carefully designed, non-specific amplification and/or primer dimer formation may occur, preventing the formation of the desired PCR product. Nowadays, several design tools are available on the internet to assist molecular geneticists in designing PCR primers under optimal conditions. In this study, 5 accessible, open-access and widely used web-based PCR primer design programs (NCBI, Primer3, Biserach, Genscript, Primer3plus) were compared with bioinformatics applications for genomic sequences. Based on the comparison results, the advantages and disadvantages of the web-based PCR programs are discussed.