DETERMINING PHIONETIC RELATIONS OF ENDEMIC SPECIES OF ASTRAGALUS L. IN THE VAN LAKE BASIN


Genli G., Kaya Tekbudak İ., Usta M. , Mükemre M.

ISPEC 8th INTERNATIONAL CONFERENCE on AGRICULTURE, ANIMAL SCIENCES and RURAL DEVELOPMENT 24-25 December 2021 BINGOL, TURKEY, Bingöl, Turkey, 24 - 25 December 2021, pp.171-172

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: Bingöl
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.171-172

Abstract

Astragalus L. genus, one of the most comprehensive genera in the world, is represented by
nearly 2900 taxa .
Astragalus L. genus is one of the most challenging genus in terms of
identifying in the Flora of Turkey. This genus includes 469 taxa and 217 of these taxa are
endemic species. The study was carried out in 2019 to determine the phylogenetic relationships
of endemic species belonging to the genus
Astragalus L. collected from the Van Lake Basin.
82 taxa belonging to the genus
Astragalus L. were collected, 19 of which were found to be
endemic while 2 of them were rare. In the study, universal ITS4 and ITS5 primers were used
to amplify ITS regions from genomic DNAs isolated from samples. By means of these primers,
ITS1, 5.8S and ITS2 regions in rDNA were amplified by PCR. The genome information of the
taxa of the genus
Astragalus L. whose DNA was sequenced were analysed with different
programs (SnapGene, CLC DNA Workbench). Then, DNA sequences obtained from taxa
belonging to the genus
Astragalus L. were registered in the National Center for Biotechnology
Information (NCBI) Genbank and made available to all researchers in the world. In this study,
it was also determined that the length of the nrDNA ITS region varied between 669 and 687
base pairs. The results of the study indicated that the most stable secondary structure derived
from sequences obtained with the universal primers ITS4 and ITS5 when used in combination
with the phylogenetic tree, is an effective tool for the identification of taxa of the genus
Astragalus L

Astragalus L. cinsi Türkiye Florası’nda teşhis açısından sorunlu cinslerin başında yer
almaktadır. Bu cins 469 takson içermekte ve bu taksonların 217’si endemik türlerden
oluşmaktadır. Çalışma 2019 yılında, Van Gölü Havzası’ndan toplanan
Astragalus L. cinsine
ait endemik türlerin filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi amacıyla yürütülmüştür.
Astragalus
L. cinsine ait 82 takson toplanmış bu taksonların 19 tanesinin endemik, 2 tanesinin de nadir
olduğu tespit edilmiştir. çalışmada örneklerden izole edilmiş genomik DNA’lardan ITS
bölgelerinin çoğaltılması için evrensel ITS4 ve ITS5 primerleri kullanılmıştır. Bu primerler
yardımıyla, rDNA’da yer alan ITS1, 5,8S ve ITS2 bölgeleri PCR yoluyla çoğaltılmıştır. DNA
dizilemesi yapılan
Astragalus L. cinsine ait taksonların genom bilgileri farklı programlar
(SnapGene, CLC DNA Workbench) ile analiz edilmiştir.
Astragalus L. cinsine ait taksonlardan
elde edilen DNA dizileri, National Center for Biotechnology Information (NCBI) Gen
bankasına kayıtları yapılarak dünyadaki tüm araştırıcıların kullanımına sunulmuştur. Bu
çalışmada, nrDNA ITS bölgesi uzunluğunun 669 ile 687 baz çifti arasında değiştiği tespit
edilmiştir. Sonuçlarımız, evrensel ITS4 ve ITS5 primerleri ile elde edilen dizilerden türetilen
en kararlı ikincil yapının, filogenetik ağaç ile kombinasyon halinde kullanıldığında
Astragalus
L. cinsine ait taksonların tanımlanması için etkili bir araç olduğunu kanıtlamıştır