Performance evaluation of different brands of thermal cyclers used for diagnostic testing.

Creative Commons License

Usta M., Sipahioğlu H. M., Bulut D.

Yüzüncü Yıl Üniversitesi Ziraat Fakültesi Tarım Bilimleri Dergisi, cilt.21, sa.1, ss.35-41, 2011 (Scopus)

Özet

PCR cihazlarından elde edilen sonuçların güvenilirliği bu sonuçların tekrarlanabilirliğinin teminini gerektirir. Bu çalışmada, PCR çalışmalarının geçerliliği ve standardizasyonu için, üç ticari PCR cihazının PCR sonuçlarına olan hassas etkisi ölçülmüştür. PCR sonuçlarını değerlendirebilmek için bütün cihazlarda reverse transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu testi (RT-PCR) eş zamanlı olarak yürütülmüştür. Gerçekleştirilen teşhis çalışmalarında, Apple mosaic virus (ApMV)’ü, Zuchini yellow mosaic virus (ZYMV)’ü, Cherry leaf roll virus (CLRV)’ü, ve Potato spindle tuber viroid (PSTVd)’i referans izolatlar olarak kullanılmıştır. PCR cihazları çoğunlukla üreticilerin belirttiği aralıklarda çalışmıştır. Elde edilen ürünlerde hafif farklılıklar oluşsa da, test edilen bütün cihazlar beklenen büyüklükte ve doğrulukta PCR ürünü çoğaltmışlardır. Her bir patojen için iki pozitif numunenin kullanıldığı testlerde, tekrarlanabilirlik her üç cihaz için gösterilmiştir. Testte kullanılan cihazların marka ve modeline bakılmaksızın, RT-PCR yöntemi ile elde edilen tüm PCR sonuçlarının tekrarlanabilirliğinin, benzer sonuçlar elde etmede kabul edilebilir sınırlar içinde olduğu sonucuna varılmıştır.  

: Reliability of PCR-based data between the thermal cyclers requires an assurance of assay reproducibility. In this work, for the validation and standardization of PCR, the precision of thermocyclers on PCR was measured in three commercial thermal cyclers. A reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) test was run in parallel to assess PCR results. In diagnostic testing, isolates of Apple mosaic virus (ApMV), Zuchini yellow mosaic virus (ZYMV), Cherry leaf roll virus (CLRV), and Potato spindle tuber viroid (PSTVd) were used as reference isolates. The cyclers mostly performed within the manufacturer’s specification. All thermal cyclers produced the correct target for the single-product PCR assay, although slight variation in yield was observed. For two replicates of each positive sample, repeatability was demonstrated for the tested three thermal cyclers. It was concluded that, irrespective of the make and model of thermal cycler, reproducibility of PCR products by means of RT-PCR was sufficiently acceptable to have similar results from independently in separate commercial thermal cyclers.